A história de Nightmare × Deathscythe Resonance gira em torno de uma personagem chamada Rinne Natsume, que é uma aluna aparentemente comum até descobrirem seu segredo. Há alguns meses, ela perdeu o pai em um ataque de um culto demoníaco. Naquela época, ela despertou para o poder do ‘Deus da Morte’ que havia escondido dentro dela e retaliou os membros do culto. No entanto, seu momento de paz não durou muito, pois ela acabou sendo capturada. O chefe do ramo do culto, Akuta, guardou ressentimento contra o pai de Rinne e o direcionou para Rinne. Agora, uma sagrada cerimônia de acasalamento do diabo e o deus da morte estava prestes a começar.
